Opcje startowe nie mają żadnego wpływu na fabułę a raczej na fabuły (bo jest ich kilka które wykonujemy kolejno). Liczy się tylko ranga i reputacja.
Oczywiście możemy w każdej chwili zawiesić wykonywanie fabuły i zająć się czymś innym chyba że dana misja ma jakieś ograniczenia czasowe lub mamy na pokładzie jakąś ważną dla fabuły postać wtedy lepiej jest dokończyć daną misją (czasami nam sie zapomni i sprzedamy nasz statek z tą postacią i mogą wyniknąć z tego jakieś komplikacje

)
Jak już wspomniałem jest kilka głównych fabuł, dokładnie 6
Fabuła Terran (moim zdaniem najłatwiejsza)
Fabuła Gonerów (dosyć urozmaicona, handel, walka, abordaż statków)
Final Fury (fabuła typowo militarna, tu raczej M3 juz nie wystarczy)
Xenon Hub (ekstremalnie czsochłonna raczej nastawiona na handel)
Kwatera Główna dla gracza (tez po trochu wszystkiego)
Fabuła Aldrin (dodana w najnowszym patchu, tez raczej typu militarnego)
Mniej więcej w takiej kolejności uzyskuje sie nich dostęp.