Es geht um die globale Einstellung bei Verhalten nach Angriff, siehe auch mein Screenshot:

Früher habe ich hier einfach "Fliehen" eingestellt. Das hatte zur Folge, dass ohne weitere Einstellungen das selbst eine Asgard versucht, vor einem PSG Minotaur zu flüchten. Die Einstellung funktioniert, wie sie soll, ist aber etwas unpraktisch.
Daher habe ich sie einfach auf Handeln nach eigenem Ermessen gelassen. Und hier liegt das Problem. Völlig unbewaffnete M Frachter gehen auf Angriffs-Modus gegen einen PSG Minotaur, und ebenfalls völlig unbewaffnete L Frachter (die ich manuell durch die Gegend schicke, daher unbewaffnet) gehen ebenfalls auf Angriffsmodus gegen einen PSG Phönix Zerstörer.
Wenn das Spiel hier also keine Unterscheidung tätigt, ob ein Schiff überhaupt bewaffnet ist (Täuschkörper zähle ich hier nicht als Waffen), so ist diese Option in den allermeisten Fällen sinnbefreit. Ich würde mir wünschen, dass entweder
a) Die Einstellung "Nach eigenem Ermessen" etwas mehr Logik erhält oder
b) So wie bei Sperrlisten auch, eine Entscheidung zwischen Zivil- und Militärschiffen getroffen werden kann.
Achja PS.: Eine unbewaffnete Nemesis als Kollektor via Wiederholungsbefehl und Container einsammeln flieht im Übrigen bei angreifenden Xenon ganz normal mit der Einstellung "nach eigenem Ermessen".