Tak samo sajvy, znajdują się w katalogu domyślnym C:\Documents And Setting\User\EGOSOFT...
I tak jak Lewar pisał, zrób sobie kopię zapasową swoich dotychczasowych sajwów, odinstaluj X3 z wszystkimi dodatkami. Zainstaluj je ponownie, najlepiej na innej partycji lub chociaż w innym katalogu, wtedy będziesz miał domyślne ustawienia startowe (wersja 1.4 mam nadzieję). I ... zainstaluj kodeki z płytki, następnie odpal grę i napisz, czy problemy się powtarzają. Jeżeli nie, to powoli instaluj wszelkie dodatki, patche, bonus packi, skrypty i za każdorazowym, nawet najmniejszym dodatku, sprawdzaj stan techniczny gry (tj., czy opisywane przez ciebie problemy występują).
Napisz relację, jak poszło.
//EDIT
Sprawdź także, czy poprawnie zainstalowałeś XTM, wg np. tego:
http://forum.egosoft.com/viewtopic.php? ... 30#2180930
I uprzedzając późniejsze pytania, NIE, nie wiadomo, dokładnie, czy to instalacja patcha, czy XTM czy czegoś jeszcze spowodowała ten błąd, bo kolega nie napisał precyzyjnie. Dlatego poradziłem robić wszystko krok po kroku... Bo możliwe, że zapomniało się o tak podstawowej rzeczy.