Zumindest in meinem Fall liegt der Fehler beim Diplomatiemenü.
Denn in meinem aktuellen Savegame steht ein Agent bei 99% Rufsteigerung bei den Piraten, und sobald er den Auftrag abschliesst, friert das Spiel ein. Und zwar zu 100 Prozent reproduzierbar.
Zum Glück kann man den Auftrag abbrechen. Dann läuft das Spiel auch wieder normal weiter.

Lustiger weise passiert das aber nur dann, wenn ich größere Mengen Einflusspunkte auf einmal zur Rufsteigerung einsetze.
Habe ein wenig rum getestet, und mal 650, 800 und 1000 Einfluss benutzt, und X3 Crasht jedesmal.
Habe auch die Agenten mal in verschiedene Piratensektoren geschickt. Das brachte leider auch nix.
Allerdings kann ich ohne Probleme 500 Einfluss einsetzen, und dannach nochmal 500, ohne dass das Spiel crasht.
Bei den anderen Rassen/Corps funktioniert die Rufsteigerung via Diplomatie problemlos.
Alles in Allem ein seltsames Problem, da es nur die Piraten bei mir betrifft und nur beim Einsatz von vielen Einflusspunkten auftritt.
