Der eine Hotkey ist zum De/fixieren von ganzen Komplexen, der andere für Einzelstationen.
Die Stationen auf deinem Screenshot sind übrigens alle defixiert, das wird durch die {}-Klammern um den Stationsnamen angezeigt.
Na egal, hauptsache, es hat geklappt

Zu Frage 2:
Der FCC kann nur einzelne Kontrollzentren, aber keine Komplexverbindungen bauen, dazu musst du den Standardbefehl verwenden (Kommandos/Spezial/Station bauen oder direkt aus dem Frachtraum).
Du musst kein einzelnes Kontrollzentrum bauen, der Sinn davon ist lediglich, dass man es so positionieren und ausrichten kann, wie man will.
Wenn du eins gebaut hast, kannst du die Stationen verbinden - oder du verbindest zwei Stationen ganz normal, also mit dem Standardkommanod, die Fabriken anwählen und das Kontrollzentrum positionieren.
Und ja, wenn man sein Kontrollzentrum schön ausrichten will, muss man sich auch ein zusätzliches kaufen

PS: Anleitung lesen hilft

btw: Die neue Version kommt noch heute, sie enthält vor allem Neuerungen, die Fehler in Kombination mit anderen Scripts verhindern sollen. Die englische Version ist bereits fertiggestellt, jetzt muss nur noch die deutsche Anleitung aktualisiert werden.