Ну во первых - поиск на просторах интернета никто не отменял. Есть как минимум 2 русскоязычных ресурса, где на доступном языке описано FAQ
По существу:
1. Нужно построить ШК и исследовать модификации кораблей (это отдельная тема про Борона-ученого и его миссии)
2. Стыкуемся с любым доком (верфью), перемещаемся к торговцу кораблями. При выходе из транспортера мы попадаем в длинный зал, в конце которого торговец. а вот на пол пути справа есть 2 верстака - для крафта предметов и для крафта модификаций. Используем последний. Если корабль пристыкован и модификации изучены, то будет список из доступных
3. Выбираем корабль, модуль корабля, тип модификации, видим требуемые запчасти для модификации - применяем и ... плюемся и крутим рандом, пока не выпадут нормальные допы. При этом основные запчасти не кончаются, а вот вспомогательные и деньги будут исчезать. Поэтому при ограниченных ресурсах много не "покрутишь"
----
ну вот, перевернул страницу, а проблема уже решена